複数の企業を1つにまとめる「合併」の場合、最終的な合併成立には合併会社（存続会社）、被合併会社（消滅会社）双方が登記を行う必要があります。
この記事では、合併登記に必要な書類と手続き方法について詳しく解説していきます。
合併の手法は、合併会社（存続会社）が被合併会社（消滅会社）の事業や資産を包括的に承継する「吸収合併」と既存会社が全て解散し、合併と同時に新会社を作る「新設合併」の大きく2種類に分けられます。吸収合併、新設合併どちらの場合も必要とする手続きや用意すべき書類は多岐にわたり、最終的な合併成立には法務局での登記が必須となります。
まずは、吸収合併、新設合併それぞれの手続きの流れと登記を行うタイミングについて確認しておきましょう。
吸収合併の手続きは大まかに以下のような流れで行われます。
1．吸収合併の交渉、契約作成・締結
2．吸収合併契約書などの事前備置、債権者保護の手続き（官報公告、個別催告）
3．株主総会による特別決議、吸収合併の承認
4．吸収合併契約の効力が発生
5．登記申請：合併会社は変更登記、被合併会社は解散登記を実施
6．書類の事後備置
吸収合併の登記申請は、合併契約の効力発生後に行います。登記期限は効力発生日から2週間以内で、登記手続きを行うのは合併会社の管轄法務局となります。
新設合併の手続きは大まかに以下のような流れで行われます。
1．新設合併の交渉、契約作成・締結
2．新設合併契約書などの事前備置、債権者保護の手続き（官報公告、個別催告）
3．株主総会による特別決議、新設合併の承認
4．新設合併契約の効力発生
5．登記申請：新設会社は設立登記、被合併会社は解散登記を実施
6．書類の事後備置
新設合併の登記申請は、株主総会による特別決議で合併が承認された後に行います。新設合併の場合は、合併の効力発生日は設立登記を行った日となります。
合併の登記手続きの流れについて解説します。
吸収合併に関わる登記（変更登記、解散登記）は、合併会社の管轄法務局で手続きを行います。
合併会社は、変更登記申請書に商号、住所、登記事由（吸収合併による変更）、原因発生日、資本金額など事項を記載し、必要書類を添付の上、提出します。
被合併会社も同様に解散登記申請書に商号、住所、登記事由（合併による解散）、解散する日などの必要事項を記載し、提出します。
なお、登記事項はオンラインや電磁記録媒体での提出も可能です。期限前に提出しておくことで、スムーズな手続きが期待できます。
新設合併に関わる登記（設立登記、解散登記）は、新設会社の本店所在地を管轄する法務局で手続きを行います。
新設会社は、設立登記申請書に商号、住所、手続き完了日などの事項を記載し、必要書類を添付の上、提出します。
被合併会社も同様に解散登記申請書に商号、住所、登記事由（合併による解散）、解散する日などの必要事項を記載し、提出します。
なお、設立登記についても書面申請の他、オンラインでの申請が可能です。
登記の際に記載する登記申請書には、さまざまな事項を記載する必要があります。万が一、内容や添付書類にミスや不備があると申請が受理されず、合併手続きに支障をきたす可能性があるので注意しましょう。
法務局のHPには、申請書の様式や記載例が掲載されています。提出前に慌てないように、事前に確認し準備を進めましょう。
また、書類準備や手続きに不安があるという方は、知識や経験が豊富なM&A仲介会社などへ相談するのもおすすめです。
吸収合併、新設合併の登記時に必要となる書類について解説します。
合併の登記手続きは、準備すべき書類は非常に多いのが特徴です。また、合併の条件や合併に関わる双方の会社状況によって、提出すべき書類が異なる点にも注意が必要です。スムーズな登記手続きのためにも、事前に必要書類をしっかりと確認し、取得できる書類は早めに入手するよう心がけましょう。
吸収合併の登記時に合併会社が提出する主な書類は以下の通りです。
| 吸収合併契約書 | 法的記載事項が入った書類 |
| 吸収合併契約に関する株主総会議事録 | 合併承認に関する株主総会議事録や取締役会議事録など |
| 株主リスト | 株主の氏名・名称や住所、議決権数などがわかる書面 |
| 債権者保護手続きに関する書面 | 官報公告や個別催告の実施を証明するもの（合併公告が掲載された官報や個別催告の控えなど） |
| 被合併会社の登記事項証明書 | 被合併会社に関する登記事項の証明 |
| 株券提供公告を行ったことを証明する書面 | 被合併会社が株券を発行している場合に必要 |
| 新株予約権証券提供公告を行ったことを証明する書面 | 被合併会社が新株予約権証券を発行している場合に必要 |
| 資本金の額の計上に関する書面 | 吸収合併により資本金額が増加する場合に必要 |
| 登録免許税に関する証明書 | 登録免許税に関する証明書類 |
| 委任状 | 登記手続きを司法書士などに依頼する場合は必要 |
なお、吸収合併の場合、変更登記と被合併会社の行う解散登記は同じ場所で同時に行われます。そのため、被合併会社が提出すべき書類は、解散登記申請書のみで、添付書類は基本的に不要とされています。
新設合併の登記時に新設会社が提出する主な書類は以下の通りです。
| 新設合併契約書 | 法的記載事項が入った書類 |
| 新設合併契約に関する株主総会議事録 | 合併承認に関する株主総会議事録や取締役会議事録など |
| 株主リスト | 株主の氏名・名称や住所、議決権数などがわかる書面 |
| 債権者保護手続きに関する書面 | 官報公告や個別催告の実施を証明するもの（合併公告が掲載された官報や個別催告の控えなど） |
| 被合併会社の登記事項証明書 | 被合併会社に関する登記事項の証明 |
| 株券提供公告を行ったことを証明する書面 | もしくは株券を発行していないことを証明する書面（株主名簿等） |
| 資本金の額の計上に関する書面 | 新設会社の資本金額を証明する書類 |
| 登録免許税に関する証明書 | 登録免許税に関する証明書類 |
| 委任状 | 登記手続きを司法書士などに依頼する場合に必要 |
新設合併の場合も、吸収合併と同様、被合併会社が提出すべき書類は、解散登記申請書のみで、添付書類は基本的に不要とされています。
合併登記の際には登録免許税という費用が必要となります。吸収合併、新設合併それぞれの登記にかかる登録免許税額について確認していきましょう。
吸収合併の場合、合併により増加した資本金の額が課税の対象となります。税率は増加額に対して0.15％（増加した資本金額が被合併会社の資本金額を超過する場合、税率は該当額に対して0.7％）で、合併会社が負担します。ただし、登録免許税額が3万円未満の場合は、申請1件につき3万円が負担額となります。
また、被合併会社が行う解散登記にかかる費用は一律で3万円となります。
新設合併の場合、新設会社の資本金の額が課税の対象となります。税率は資本金額に対して0.15％（合併直前の被合併会社の資本金額が一定以上の場合、税率は該当額に対して0.7％）で、合併会社が負担します。新設合併でも、登録免許税額が3万円未満の場合は、申請1件につき3万円が負担額となります。
被合併会社の解散登記にかかる費用は吸収合併と同様、一律3万円です。
合併を行った場合、双方の会社が持つ許認可の取り扱いはどうなるのでしょうか。吸収合併と新設合併それぞれのケースについて詳しくみていきましょう。
吸収合併の場合、被合併会社の資産や負債、権利義務などは、全て合併会社が引き継ぎます。しかし、許認可については、全てを引き継げるわけではありません。各許認可を監督する官庁、法律によって承継の可否が異なるので注意しましょう。
なお、合併会社が合併前から持っている許認可については新たに取り直しを行う必要はありません。ただし、許認可の種類によっては、変更手続きが必要となるケースがあるので、個別に確認を行いましょう。
新設合併の場合、被合併会社の持つ許認可を引き継ぐことはできません。基本的には全て取り直しが必要となります。
数あるM&A手法の中でも、合併は特に手続きが煩雑で、用意すべき資料も多岐に渡るとされています。そのため、最終的な登記までスムーズに手続きを進めるには、実績やノウハウに優れたM&A仲介会社の手助けが必須といえます。
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会社同士の合併には、経営基盤の強化、シナジー効果やスケールメリットの獲得、経営資源の効率化など多くのメリットがあります。
しかし、その反面、合併成立（登記）までの手続きの過程で膨大な書類作成が必要であり、準備や進行には多くの労力や工数がかかります。特に登記に必要となる書面には専門的なものも多く、取得方法や記載方法などがわかりづらいという難点もあります。
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